自分のイメージに合わせて好きにしちゃってOKです！
こんにちは (๑′ᴗ‵๑)
小さめなベランダビオトープでは、底床の違いで大きく変わるということはありません。掃除の頻度や煩わしさが少し変わる程度です。色々やってみたけど、コケまみれになるとか、藍藻が出るとか、貝が繁殖しすぎるとか、起きることはどんな環境でも起きがちです。
荒木田土を使うと濁りがおさまりにくいとかはありますが、自分のスタイルに合わせて好きに選んでOKです。過去の経験からの違いを下に書いてみました。
以前のビオトープ（プラ舟）には赤玉土を敷いていました。
なんとなくですが、そうしたほうが水が安定するのが早いように感じていたからです。確証はありません。
ある年、赤玉土を敷くのをやめてみましたが、エビやメダカの糞が目立ってしまい、また翌年には赤玉土を敷くことにしました。深さがあまりないプラ舟は底がよく見えるため、糞が溜まっているのもよく見えてしまいます。赤玉土を敷くと汚れが目立たなるというメリットがあります。
マンション住まいのうちの場合、底に敷く赤玉土は1cm以下。こんな感じでうっすらと敷きます。庭がないと土の廃棄が難しいのでなるべく少なめにしてます（乾燥させて再利用している方もいます）。5リットルもあれば睡蓮のポット1個と60cm程度のプラ舟の底床分として十分だと思います。
今のビオトープ（睡蓮鉢）には何も敷いていません。
睡蓮鉢は深さがあって浮草類が増えると底がよく見えなくなるため、エビの糞も気にならなくなりました。
睡蓮を植えてる赤玉土が舞い上がってこぼれたのはそのままで、写真のような感じです。立ち上がりも特に遅いとも思いません。結局、赤玉土は敷いても敷かなくてもどちらでも良いけど、浅い容器では敷いたほうが糞が目立たないという美観上のメリットがありました。
ゼオライトや炭、吸着性のあるソイルを敷くとそれなりの効果があると思います。
砂利や小石を敷くとどうなるか、と言うと…
砂利を敷いてみたこともありますが、清らかな川底のような砂利の見た目を維持するためには定期的な掃除が必要になります。屋外の日光の強いところではまず無理。短期間なら可能ですが、どうしてもコケがうっすら付いてきます。
なるべく手抜きをしたい私は砂利を敷くのはやめてしまいました。砂利にコケがついてしまうと茶色や緑色になって（それもいいのですが）、澄んだ水をイメージしている方には「思っていたのと違う！」ということになりそうです。
砂利だからダメということもないので、好きに試してくださいという感じです。ただ、出所不明の石の中には水質を変化させるものがあるので、できればアクアリウム用に販売してあるものから選んでください。違う大きさの石を組み合わせる石組みも楽しいですよ。
植物用の土部分を容器内に直接盛ってしまう方法もあります。
容器内に直接土留めをして用土で段差を作ったりする作り方もあります。自然な感じが演出できて楽しそうなのですが、お庭でやってる方向きです。狭いベランダだと作業スペースがとれないので、植物は鉢植えにしたり、いくつかの鉢をカゴにまとめて投入したほうが何かと手間がかかりません。
レンガを使うのも素敵ですが、ベランダはあまり重くなるものはお勧めできません。レンガシートや連杭で軽量化できます。まあ、でも、好きに作ってみるのが一番ですよね、いろいろ考えている時が最も楽しい時間です。